過去記事も読みしたが、読解力がないからかよく分からなかったのですが、周辺機器専用ソフトや追加データソフトを抜かした通常形状のROMのみをコンプ数とすると何本になるのですか？

追加データソフトを単純に抜かすと-4本ですね。1053-4で1049本。周辺機器専用というのは特殊形状ROMのことでしょうか。特殊形状ROMはデータック7本ですから-7本ですね。1053-7で1046本。
任天堂の公式数が1047本だということはわかっているのですが、内訳がわかりません。内訳がわからない以上、何が入っていて、何が入ってないのか、推測するしかないのが現状です。

オロチさんありがとうございました！